Les activités d'élevage ont été plus fortement régulées par les épidémies sanitaires ces dernières années. Elles contraignent les productions et suscitent parfois des cessations d'activité chez les éleveurs. Elles sont aussi beaucoup plus fréquentes et probablement moins médiatisées. La grippe aviaire et les salmonelles déciment le cheptel de volaille (poulets, pondeuses, …). La peste porcine frappe les élevages de porcs dans un grand nombre de pays. Une multitude de maladies bactériennes et virales frappe les élevages de bovins (lait, viande). La relation entre les crises sanitaires et les prix de marché est certaine, bien que les études soient peu répandues sur le sujet. Nous avons un exemple flagrant aujourd'hui aux États-Unis, où le marché de l'œuf explose après trop de destructions de pondeuses touchées par la grippe aviaire. Les élevages français n'ont pas été épargnés. C'est probablement une partie de l'explication de la bonne tenue des prix des produits animaux depuis trois ans, avec des performances remarquables sur les œufs, la viande rouge et le lait.
